什么是SSR?

短串聯重復序列（Short tandem repeat, STR）=微衛星DNA( microsatellite DNA) = 簡單重復序列（simple sequence repeat , SSR)

長度多態性遺傳標記，一般由 2-6個堿基的DNA重復序列組成，其長度多態性來源于重復單位拷貝數的個體差異。

STR廣泛存在于基因組中，平均每6-10 kb就存在一個STR基因座。人類基因組內已發現了七千個以上的STR位點。

(所以并不是非酋抽不到的SSR……哦現在抽不到的是UR……玄不改命，氪不救非！）

法醫學應用的STR在染色體上的位置

23 CODIS Core STR Loci

微衛星DNA的特點

?數據大、分布廣且均勻

?具有極高的個體特異性 

?多態信息含量高 

?共顯性遺傳

（逐漸開始做實驗用的專業知識……）

適用于DNA指紋的SSR基因座的選擇

較高的個體識別率，通常>0.9，觀測雜合度>0.7

在染色體上定位相對較遠，確保無連鎖

低stutter產物、低突變率

與其他遺傳標記復合檢測時易于得到結果，且具有重現性

鑒定的位點越多，判錯的可能性越小，個體識別能力越來越強

SSR技術原理

根據微衛星DNA兩端序列的保守性，設計一對特異性的引物，利用PCR技術擴增每個位點的微衛星DNA序列，以檢測分析微衛星序列的多態性，從而進行相關的遺傳學分析。

SSR位點確定-Genbank搜索序列

SSR位點確定-SSRHunter1.3軟件

標準化是DNA指紋庫建立及應用于品種鑒定實踐的前提和基礎，DNA指紋庫能否應用的關鍵是不同實驗室對同一樣本測試的基因型必須完全一致，數據具有可比性。

以下是目前人類DNA指紋庫和我國玉米DNA之文庫的建立情況：

人類DNA指紋庫

美國CODIS系統：13個STR標記

英國：6個STR標記 

歐洲：7個STR 標記

我國玉米DNA指紋庫

承擔農業部國家區試玉米DNA指紋鑒定方法標準及管理辦法制定

承擔農業部品種權保護玉米DNA指紋鑒定方法標準制定

參與國際UPOV的關于“分子標記選擇與指紋庫構建”的BMT指南的修訂