雙脫氧測序法速度快。引物的復性和測序可以在60~90 min 內完成。可以同時制備大量的單鏈或雙鏈測序樣品。如果用³⁵ S標記的dNTP 測序，這種方法可以提供極好的（電泳）條帶的分辨率。其主要缺點是模板的組成或二級結構有時會導致測序過早地終止。雖然和Klenow 片段相比，有其他的聚合酶可以減輕這個問題，但有些DNA 序列還是無法用雙脫氧法精確地測出來。

化學法的主要優(yōu)點是能消除用DNA 聚合酶合成DNA 時所碰到的問題，可以測出酶法無法測出的序列。另外，對于較短DNA 片段的測序，化學法不需要將它亞克隆到合適的測序載體上。最后，化學法是唯一能用于小分子質量的寡核苷酸的序列測定的方法。雖然準備用于測序的DNA 要花費大量時間，但現(xiàn)在開發(fā)出專門的載體如pSP64CS和pSP65 CS  ，可以直接對鄰近待測序列的片段進行亞克隆和對未確定的單鏈末端進行標記，消除了需要耗費大拭時間的膠純化步驟。這些載體的應用也使同時對大量樣品進行測序的目標得以實現(xiàn)，因為對每個重組質粒的測序是以系統(tǒng)方式進行的。