凝膠是厚而易碎的基質，這使得操作與溫浴都很困難。如果要對膠內的內容物進行雜交，必須將內容物從凝膠引導到硝酸纖維素膜或者尼龍膜上。這一過程稱為轉移。

轉移之后，濾膜與一個探針溫浴，觀察探針是否能與濾膜上的分子雜交。探針由放射性元素或者其他指示劑標記，所以可以被檢測。濾膜與探針的雜交稱為印跡。

第一次使用印跡技術是由Southern 描述的， 因此， 這種印跡被稱為Southern 印跡。

不同種類的模板與探針的使用有不同的名稱。

Southern 印跡：濾膜上的DNA 由DNA 探測。

Northern 印跡：濾膜上的RNA 由DNA 或者RNA 探測。

Western 印跡：濾膜上的蛋白質由抗體探測。

Southwestern 印跡：濾膜上的DNA 由蛋白質探測。

Middle eastern 印跡： Poly (U) 來源的濾膜由mRNA 探測。

生物材料由凝膠轉移到濾紙或膜上有三種方法：

毛細管轉移：用千DNA 和RNA 。

真空轉移：用于DNA 和RNA 。

電泳轉移：用于DNA 、RNA 和蛋白質。主要有兩種裝置來做印跡，都是利用電流來驅動分子向陽極方向轉移到膜上。分別是干式轉膜儀或半干式轉膜儀（電流是由浸在陽極與陰極轉移緩沖液中的濾紙來攜帶的）和濕式轉膜儀（其中凝膠與膜都浸在轉移緩沖液中） 。電泳轉移需要能輸出高電流的電源裝置。

＊濾膜

• 市售的膜有整卷的或大小預先裁剪好的兩種。除非實驗室每個人使用同樣大小的凝膠，否則購買整卷的。

• 裁剪或移動任何濾膜的時候要戴好手套。手指上的油脂會阻礙轉移。

• 用干凈的平頭攝子夾取濾膜。鋒利或尖的攝子會戳壞濾膜。

• 轉移用膜的選擇主要是尼龍（種類繁多）和硝酸纖維素膜（普通型或者易于操作的乙酸纖維索增強型） 。

• 尼龍膜最適合核酸。耐用、與核酸結合能力強、膜上物質可以脫去而用于多次雜交。尼龍往往染色背景較深，因此雜交過程中需要高濃度的封閉液。陽離子化的尼龍膜最適宜核酸，因為與核酸的結合并不依賴于緩沖液的離子強度。核酸不能通過電泳轉移到硝酸纖維素膜上。

• 硝酸纖維素膜最適合某些蛋白質， 而尼龍膜最適合于另一些。尼龍通常有更強的結合能力，但是有些蛋白質根本不結合。如果不得不使用硝酸纖維素膜，使用增強型的硝酸纖維素膜。可以嘗試一下PVDF （ 聚偏二征乙烯） 尼龍膜。硝酸纖維素膜和尼龍膜的實驗方案很不一樣。實際上，不同類型的尼龍有不同的實驗方案。

• 一般不需要擔心孔的大小， 0.45μm 是標準。較小孔徑的濾膜可以用于專門用途。