一、分子生物學軟件

1.DNASTAR_Lasergene.v7.1
LaserGene是美國DNAStar公司發行的綜合性序列工具軟件，可用于發現和注釋DNA序列中的基因，并操作所關注的DNA的其他feature。現階段版本的LaserGene包括EditSeq、 MapDraw、SeqMan、GeneQuest、PrimerSelect、Megalign、Protean應用程序，具有序列的編輯、轉換、開放閱讀框的查找、引物設計、酶切作圖、序列比較等功能，其功能幾乎囊括了分子生物學領域大多數內容。
2.modfitLT-BD周期分析軟件
ModFitLT是由美國VeritySoftwareHouse公司設計，是用于流式細胞術中進行細胞周期分析的軟件。它通過對DNA含量直方圖進行曲線擬合，能快速計算出分析細胞周期各時相細胞的含量、G1/S/G2+M細胞的百分比，并測量腫瘤細胞的DNA指數(DNAIndex)、及析凋亡細胞亞二倍體所占的比例，實為研究凋亡細胞生物與藥理小伙伴的一大利器。
3. odyssey western blot
Li-cor公司推出的Odyssey紅外激光雙色圖像分析系統配套軟件。是掃完Western后在自己電腦上分析的必備軟件（反正浙大醫學院公共平臺是用的這個）。
4. 漢化版DNAMAN6.0-Raindy
DNAMAN 是一種常用的核酸序列分析軟件，功能強大，使用方便。可以不同形式顯示序列，進行DNA 序列的限制性酶切位點分析、DNA 序列比對分析（Dot Matrix Comparision）、序列同源性分析（兩序列同源性分析、多序列同源性分析）等。
5.BioEdit7.0.9.0
BioEdit是一個功能齊全的分子生物學應用軟件，可以完成核苷酸序列和蛋白質序列進行所有常規的分析操作，如：序列比對、序列檢索、引物設計、系統發育分析等。與DNAMAN 相比，其分析內容相對更豐富一些，而且提供了很多網絡程序的分析界面和接口。
6.chromas（基因測序峰圖查看軟件）
chromas是一款非常好用的專業基因測序列查看軟件，如果在從事科研的過程中需要測序列和查看彩圖可以使用這款工具，同時還擁有打開ABI格式的功能。
7.flowjo流式細胞分析軟件破解版
Flowjo是一款優秀的流式細胞分析專業軟件，可以兼容幾乎所有流式儀器采集的數據，可以彌補其它機器自帶軟件的分析功能不足的缺憾，滿足用戶的數據分析要求，這也是FlowJo備受歡迎及推崇的原因。
8.SSRHunter 1.3（微衛星DNA位點查找軟件）
又稱微衛星DNA位點查找軟件，是利用生物信息學方法在一個相對狹小的基因組區段內開發新的SSR標記的一個工具。SSRHunter軟件能夠搜索潛在的SSR位點，完成較為出色。此外，SSRHunter還提供了自動序列預處理、常規的序列整理和序列變換功能、以及方便的結果輸出方式。
9.Vector NTI 11.5.1 破解版
Vector NTI Suite是一套功能強大、界面美觀而又友好的分子生物學應用軟件包。它主要包括四個組件，分別對DNA、RNA和蛋白質進行各種分析和操作。主要支持以下幾種分析：對分子序列的操作、常規操作、常規分析、圖形操作。

二、凝膠分析軟件：
1.Gel-pro analyzer
是一塊功能強大的凝膠分析軟件，它的功能包括泳道分析， DNA分析，分子量計算，條帶分析，Dot-blot電泳分析，菌落計數-培養皿計數，測量面積/密度，實驗報告輸出，宏的功能與應用。
2.QuantiScan
使用簡單，功能專一的凝膠掃描、分析軟件。可以分析，掃描多種多樣的材料成分，分析凝膠，污點和薄層層析板等。它以極小的成本達到類似于精密顯像密度計的功能。它分析的對象不僅包括BMP.JPG圖片，還包括沒有解壓的TIF文件等，可以對幾乎所有圖片進行多種預處理。
3.Quantity One
一款來自Bio-Rad的1D凝膠定量軟件，是The Discovery Series 軟件家族的成員，可以在Bio-Rad官網下載到非破解版。它可成像和分析一維電泳凝膠、斑點印跡、狹線 印跡和菌落計數。Quantity One 軟件能定量和分析多種數據，包括從光密 度儀、儲能磷屏成像儀、熒光成像儀和凝膠成像系統采集的放射性、化學 發光、熒光和染色等樣品。它提供自動分析功能以快速獲取高質量結果。
4.PDQuest
另一款來自Bio-Rad的軟件，是2D凝膠定量軟件，也可以在Bio-Rad官網下載到非破解版。它的分析方式主要有4種：泳道/條帶軌跡定量法；等高線直接定量法；菌落計數；分子量測定
5.ImageLab
一套圖像處理軟件，也是來自Bio-Rad的軟件，全名叫做Image Laboratory。該軟件包括文件打開，保存，顯示，打印，復制，粘貼，鏡像，旋轉，反色等常用功能之外，特別提供一系列圖像處理功能，如圖像的平滑、銳化、中值濾波、灰度拉伸、亮度變換、直方圖均衡、顏色調整、二值化、邊沿提取等。采用多文檔界面，可以同時打開顯示多個圖像進行大量處理。

三、引物設計軟件
1.Primer Express
一款引物設計軟件，可用于設計引物和探針，尤其適用于熒光PCR探針的設計，可以精確計算寡核苷酸與熒光基團鰲合后的Tm值。可以預測引物與引物之間與模板之間等的二級結構。
不用安裝軟件，如何三步搞定引物設計？（點這里啦）
2. Oligo 7.37 
用于引物探針的設計，引物探針的驗證，一般用來和PRIMER PREMIER配套設計PCR引物。從序列文件中搜索和選擇寡核苷酸的多功能程序，應用于聚合酶鏈反應(PCR),DNA測序，定點突變及各種各樣的雜交研究。根據最近鄰熱力學值計算寡核苷酸的雜交溫度和二級結構。這個好工具也用于構建合成基因，在已合成的基因中發現適當的序列引物，發現和多元化一致的引物和探針， 甚至發現蛋白質潛在的限制位點。
3. primer premier  
一款專業的引物設計軟件，具有PCR或測序引物以及雜交探針設計功能。可以簡單地通過手動拖動鼠標以擴增出相應片段所需的引物，而在手動的任何時候，下面顯示各種參數的改變和可能的二聚體、異 二聚體、發夾結構等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結果顯示出來。
4.FastPCRy 
一款快速設計各種類型PCR引物的工具，包括一些常用的DNA與蛋白序列軟件工具。基于在標準和長PCR、反向PCR引物的設計新方法，直接氨基酸序列的簡并PCR、多重PCR和電子PCR；序列比對、聚類和任何重復序列搜索。

四、代謝與信號分析軟件：
1.CellNetAnalyzer：
CellNetAnalyzer，是一種細胞網絡分析工具，前身是FluxAnalyzer，是基于MatLab的代謝網絡和信號傳導網絡分析模塊，。這是一個典型的代謝流分析工具，可以進行代謝流的計算、預測、目標函數的優化，端途徑分析、元素模式分析，以及代謝流之間的對比等。可以基本滿足研究一個中型代謝網絡的結構尤其是計算流分配的要求，大部分論文中的代謝網絡分析都是或明或暗的用這個分析的。
2. 信號通路圖匯總
3. 藥理學思維導圖